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禅宗六祖惠能认为，一切众生皆具佛性，这佛性就是人的自心、自性，只因人不断被外界的见闻觉知污染，于是迷失自性。因此，所谓解脱成佛，并不需要向外寻求，只要体认到内在的自心自性即可。杨岐宗继承和发展这一思想，主张心是万法之本、宇宙万法皆由心起。有僧问：“如何是佛？”方会说：“只个心心心是佛，十方世界最灵物。”无论聪明、愚顽之人，皆可见性成佛，这种思想促进了杨岐禅宗思想向社会各阶层传播，成为其千年生生不息的内在源泉。
在方会的时代，禅林各大宗师，多以奇异的言行，显示玄微，或用峻烈的手段，行施棒喝。而方会的表现却平实无华：“杨岐无旨的，栽田博饭吃。说梦老瞿昙，何处觅踪迹？”（《古尊宿语录》卷十九）方会法嗣仁勇称：“有盐有醋，粥足饭足，且恁过时。若是佛法，不曾梦见。”（《五灯会元》卷十九）生动地道出了杨岐禅平实无华的特点。
方会禅师创立的杨岐宗，其基本思想秉承临济宗的“立处即真”的自悟，不拘泥于文字语言，强调禅的直观修炼。在接引参学新人上采取灵活自然的诱导方式。有人问方会：“雪路漫漫，如何化导？”禅师答道：“雾锁千山秀，迤逦向行人。”就是说不必墨守成规，可视具体情况灵活运用。杨岐禅宗思想无不体现因时、因地、因人而异，劝学诱导决不“一刀切”；对人对己，平实柔和，没有半点“盛气凌人”；对事对人实事求是，虚怀坦荡。
杨岐普通寺自元至清，曾六次毁于战火。
明太祖洪武七年（公元1374年），萍乡知县李顺英创建社稷坛。杨岐僧人嗣观禅师返回杨岐，率众重建杨岐普通寺。
清高宗乾隆元年（公元1736年），杨岐僧人广募资金重修杨岐普通寺，历时数载，精心施工，共建殿宇、配殿、客堂、寮房20余幢。
清宣宗通光元年（公元1826年）元月二十六日，萍乡暴发“特大洪水、杨岐山洪水自山上暴溺、殿宇为倾圮，僧人乃奉神位于丈室以安之。清代文人甘宝贤倡议重修杨岐普通寺，从1844年始至1850年终，经过七年精心施工，终于大功告成。
20世纪50年代，杨岐普通寺陷入低谷，部分弟子离开寺院，部分弟子留守寺院，祀奉香火，维续修行。
1957年7月1日，江西省人民政府将杨岐普通寺、唐塔、唐柏、列为省级文物保护单位。
20世纪60年代，杨岐普通寺受到冲击，僧人离开寺院，寺院改作他用。
1978年中共十一届三中全会召开，党的宗教政策得到进一步惯彻落实，宗教活动先后恢复和正常开展。
1981年，太虚法师之学生离相法师携弟子静诚法师入住杨岐普通寺，进行殿宇修复工作。
1985年萍乡市人民政府决定开放杨岐普通寺，杨岐普通寺僧人陆续回到寺院。
1987年10月，时任全国政协副主席、中国佛教协会会长的赵朴初大师题写了“杨岐普通寺”寺名牌匾。
1987年冬，离相法师离开杨岐，回住萍乡金轮寺，静诚维掌普通寺法席。
1990年杨岐普通寺通过几年努力，新建一幢三层水泥结构寮室。
2004年，江西省佛协副会长兼秘书长，吉安青原山净居禅寺住持妙安法师来到杨岐普通寺，主持寺院修复工作。因宜春檀越居士迫切要求法师赴宜春弘法，法师离开了杨岐，移住宜春慈化寺。
2005年5月，佛音法师来到杨岐普通寺，主持寺院修复工作，因机缘不契，于2008年离开了杨岐。
2010年2月，禅宗92世、杨岐48世，江西真如寺首座和尚慧通老和尚，在萍乡当地政府和檀越居士诚邀下，出任江西杨岐普通寺住持。2010年5月慧通老和尚携弟子道源法师入主杨岐普通寺。2010年10月16日，杨岐普通寺隆重举行重建奠基法会，杨岐普通寺住持慧通老和尚，中国佛教协会副会长，少林住持释永信，中国佛教协会副会长、江西佛教协会会长释纯一等主礼奠基法会并讲话。江西省民宗局肖争鸣巡视员出席奠基仪式并讲话。中国政协常委、中国佛教协会会长、禅宗92世，杨岐48世一诚长老为重建杨岐普通寺题词“杨岐灯盏”。中国佛教协会会长、庐山东林寺方丈，禅宗92世、杨岐48世传印长老为重建杨岐普通寺题词“祖庭重辉”。
